Nauders liegt am Reschenpass (1507 m), über den schon die um das Jahr 50 eröffnete Römerstraße Via Claudia Augusta führte, die vom Römischen Reich nach Augsburg führte. Nauders ist wahrscheinlich die bereits im 2. Jahrhundert auf einer in Alexandria gefundenen Karte an der Via Claudia Augusta eingezeichnete römische Straßenstation „Inutrium“ und wurde im Registrum des Benediktinermönchs Goswins von Marienberg in einer urkundlichen Aufzeichnung aus den Jahren 1149/52 als „Nuders“ erstmals erwähnt.[1][2] 200 n. Chr. verlor die römische Straße – und somit auch die Straßenstation Nauders – an Bedeutung, da der Brenner durch die Römer ausgebaut und befestigt wurde und infolgedessen die Via Claudia Augusta als bis dahin wichtigste Handelsroute ablöste. Spätestens seit 1300 war es Zollstätte an dieser wichtigen Nord-Süd-Verbindung. Der Ortskern zeigt einen starken rätoromanischen Einfluss.
Im 10. Jahrhundert wurde Nauders zu einem der Gerichte der Grafschaft Vinschgau. Das Gericht Naudersberg war ein Hoch- und Blutsgericht, die Strafen wurden südlich außerhalb Nauders vollzogen, wobei die dortigen Wiesen noch heute Beim Hohen Gricht’ heißen. Die Amtsgewalt des Pflegers und Richters reichte vom Unterengadin bis Zernez, über den Reschenpass und bis Finstermünz. In seiner Aufgabe als Gericht geriet Nauders in die Auseinandersetzungen zwischen Habsburgern und Engadinern. Nach unterlassenen Zinszahlungen an Naudersberg 1475 auf Seiten der Engadiner entstand ein zwei Jahre anhaltender Krieg, der hauptsächlich auf den Feldern ausgetragen wurde (so genannte Engadiner Kriege). Allerdings wurde auch das Schloss Naudersberg in Mitleidenschaft gezogen. Ruhe brachte der Frieden von Basel von 1499. Das Gericht Naudersberg bestand noch bis zur Teilung Tirols 1919; das Gebiet wurde dann dem Bezirksgericht in Ried unterstellt.
Als die Pest sich im 14. Jahrhundert in Europa verbreitete, blieb Nauders nicht verschont. 1348 wurde das Dorf bis auf wenige Einwohner entvölkert. 1609 wurde Nauders durch eine Lawine verschüttet, 22 Häuser wurden weggerissen. 1871 richtete eine vom Gamoartal kommende Mure (Gerölllawine) großen Schaden im Oberdorf an. 1880 wütete ein Großfeuer, bei dem 83 Wohnhäuser und 72 Wirtschaftsgebäude verbrannten.
Auch die Napoleonische Zeit ging nicht ohne Spuren an Nauders vorbei. 1799 fielen die Franzosen während des Zweiten Koalitionskrieges zwischen Frankreich, Österreich, Preußen und Russland ins Dorf ein. Die Folgen waren Plünderungen, Zerstörung der Einrichtungen und Vernichtung der Nahrungsvorräte.
1872 bis 1881 war Franz Senn Pfarrer in Nauders. Dem Begründer des Alpenvereins ist im Zentrum des Ortes ein Denkmal gewidmet.
Nauders war bis Ende 1920 Teil und Sitz des Gerichtsbezirks Nauders, der jedoch infolge des Ersten Weltkriegs aufgelöst und dem Gerichtsbezirk Ried in Tirol zugeschlagen wurde. Seit 1978 ist die Gemeinde Teil des Gerichtsbezirks Landeck.
